株式会社ハーバー研究所は、現代表取締役会長小柳昌之氏が1983年5月にサプリメント事業を目的にハーバー株式会社を設立したのが始まり。1987年2月に商号を現社名に変更、2003年6月にジャスダック市場に株式を上場した。1983年5月に会社を創業して以来、2015年5月で満32年を迎えた。
現在の主力事業は、化粧品と栄養補助食品の製造販売が中心。化粧品のアイテム数は、スキンケアが約30品目、メイクアップ約20品目、育毛剤・ボディシャンプーなど約10品目の計60品目にのぼる。

化粧品は、深海サメの肝臓から抽出したエキス「スクワラン」を純度99．9％まで高めて化粧品に配合。特徴は、皮脂膜のバランスを整え、さっぱり感がある。また、商品化にあたって界面活性剤など化学原料は、一切使用しない無添加主義を貫く。
こうした化粧品、栄養補助食品の製造・販売は、グループ会社で、連結決算対象の子会社5社が連携して取り組む体制を敷いている。
化粧品、シャンプー、育毛剤などの研究開発・商品開発は、生命科学研究所が担当。化粧品の生産体制は、主にハーバー株式会社で製造しているほか、株式会社ハーバーコスメティクス、株式会社ＨプラスＢライフサイエンス及び外部委託会社で製造している。また、栄養補助食品等については、ハーバー株式会社と指定した仕様で外部業者に製造を委託している。特に、同社は、深海ザメの肝油から抽出したスクワレン及びそれを飽和安定化させたスクワランを化粧品の原料として広範囲に使用。この美容オイル「スクワラン」の原料である純度99.9％の高純度スクワランは、当社の仕様に基づいた規格で外部委託会社が精製して製造子会社ハーバー株式会社が購入している。
販売体制については、株式会社ハーバー研究所をはじめ、株式会社ＨプラスＢライフサイエンス及び男の美学株式会社を通じて、通信販売や百貨店・販売業者向け卸販売、直営店舗（2015年11月現在24店舗）で販売している。
販売体制の中で男の美学株式会社は、石鹸やシャンプーなど男性用化粧品分野に本格進出するため、2007年11月に設立したもの。また、海外現地法人として中国・上海に「海白商貿有限公司」を設立しているが中国以外の海外展開については「当面、具体的な計画はない」としている。
主力の通信販売の受注は、北海道千歳市、広島県福山市及び三重県松阪市のコールセンターで実施。商品の発送は、千葉県香取郡と広島県福山市の物流センターにおいてハーバーコスメティクス株式会社が行っている。
下図に子会社を含む事業全体の体系を示す。また、表に子会社5社の所在地、資本金等を示す。